国恩寺始建于唐代高宗弘道元年(683年)。它与六祖祝发道场广州光孝寺,毕生弘法道场曲江曹溪南华寺鼎足而立,并称六祖三大祖庭。国恩寺既是六祖肉身菩萨的故居,又是六祖弘法、示寂以及辑录六祖“法宝坛经”的圣地而名扬海内外。
唐宋时期,国恩寺在佛教界被视为“岭南第一圣域”,“中国禅文化的发祥地”。香火鼎盛,僧人甚多,来寺朝拜参学者络绎不绝,寺院殿堂颇具规模,有僧田1800亩。宋绍兴年间寺宇重修,明永乐年间再次修葺。尔后,国恩寺渐衰,僧田多被豪强侵占,寺产被变卖。至使这座被尊为“中国禅宗发源地”的古寺,殿堂失修崩塌,香火式微。
明穆宗隆庆元年(1567年),知县邓应平发起,官民集资重修寺宇。此后国恩寺不断扩建。明神宗万历二十六年(公元1598年),名士欧真义建龙粤庵(观音殿),万历四十四年(公元1616年)知县陶若曾建浴身亭;万历四十六年(公元1618年)新州知县吴士熙、绅士赵良洗建山门牌坊,并凿寺前镜池;万历四十八年(公元1620年),本寺方丈白现法师、名士潘文伯等建金刚楼和左右禅房。明思宗崇祯六年(公元1633年)新州名士潘尚茂建经堂;崇祯十二年(公元1639年),本县名人潘稷建珠亭;清顺治七年(公元1650年)至十二年(公元1655年)再次重修和扩建;举人麦安创建法堂,新州名士美符重修山门石桥等。
至此,国恩寺便形成了较为庞大的建筑群,殿堂鳞次栉比,气势巍峨庄严,成为广东省境内屈指可数的大丛林及全国仅存的两大祖师故居之一。